Perlakuan memalukan dari orang asing, yang telah merebut tanah Mataram yang paling makmur dari saudaranya yang lemah, memicu dia untuk menghasut pengikutnya untuk memberontak pada Mei 1746, kali ini dengan bantuan Mas Said.
Di tengah pemberontakan Mangkubumi pada tahun 1749, Pakubuwana II jatuh sakit dan memanggil van Hohendorff, teman kepercayaannya yang telah menyelamatkan hidupnya selama jatuhnya Kartasura pada tahun 1742.
Dia meminta Hohendorff untuk mengambil alih kerajaan.
Hohendorff tentu saja terkejut dan menolak, berpikir bahwa dia akan diangkat menjadi raja Mataram, tetapi ketika raja bersikeras, dia meminta temannya yang sakit untuk mengkonfirmasikannya secara tertulis.
Pada tanggal 11 Desember 1749, Pakubuwana II menandatangani perjanjian dimana “kedaulatan” Mataram diberikan kepada VOC.
Pada tanggal 15 Desember 1749, Hohendorff mengumumkan pengangkatan putra Pakubuwana II sebagai raja Mataram yang baru, dengan gelar Pakubuwana III.
Namun, tiga hari sebelumnya, Mangkubumi di kubunya di Yogyakarta juga telah mengumumkan kenaikan pangkatnya dengan gelar Mangkubumi, dengan Mas Said sebagai patihnya.
Pemberontakan ini semakin hari semakin menguat, dan pada tahun 1753, Putra Mahkota Surakarta bergabung dengan para pemberontak.
VOC memutuskan bahwa mereka tidak memiliki kemampuan militer untuk menekan pemberontakan ini, meskipun pada tahun 1752, Mas Said telah memisahkan diri dari Hamengkubuwana.
Pada 1754, semua pihak lelah perang dan siap untuk bernegosiasi.