Beberapa perjuangan bersenjata juga sering dilakukan sebagai aksi perlawanan.
Hal tersebut dipicu kebijakan Presiden Soekarno yang mengancam menyerbu wilayah yang saat itu diduduki Belanda.
Ia mengatakan akan menyerbu dengan Komando Mandala pimpinan Soeharto.
Tahun 1962 itu Soeharto dipromosikan memimpin komando gabungan angkatan darat, laut dan udara.
Pasukan gabungan tersebut secara khusus ditujukan melakukan serangan ke wilayah yang diduduki Belanda karena kemungkinan akan melepaskan diri dari Indonesia.
Perjanjian New York juga tidak berhasil, dengan warga Papua menganggap Indonesia menjajah, mereka akhirnya membentuk kekuatan militer guna melawan TNI yang unggulan di Papua.
Gerakan-gerakan tersebut berbasis kesukuan, tapi kebanyakan bersatu menjadi Organisasi Papua Merdeka (OPM) yang melancarkan kampanye militer skala rendah terhadap Indonesia.
OPM sendiri tidak bersatu, tanpa senjata dan tidak didukung di kancah internasional.