Setelah sang ayah, Ki Panembahan Pemanahan, mangkat, utusan dari Kerajaan Pajang datang ke Mataram menanyakan janji kesetiaan Panembahan Senopati.
Ketika itu Senopati tengah mempersiapkan untuk melepaskan diri dari Kerajaan Pajang.
Akibatnya, Mataram dan Kerajaan Pajang sempat bertempur hingga memaksa Sultan Hadiwijaya alias Jaka Tingkir mundur.
Sepulangnya dari perang, Sultan Hadiwijaya sakit dan akhirnya mangkat pada tahun 1582.
Semakin mudahlah Mataram memerdekakan diri dari Kerajaan Pajang, apalagi kerajaan itu mengalami pergolana karena perebutan kekuasaan.
Danang Sutawijaya pada 1586, resmi mengangkat dirinya sebagai raja pertama Kerajaan Mataram Islam dengan gelar Panembahan Senapati Ing Alaga Sayidin Panatagama.
Gelar tersebut berarti bahwa raja berkuasa atas pemerintahan dan keagamaan.
Gelar sultan baru resmi digunakan oleh penguasa mataram mulai 1641, di masa kekuasaan cucunya, Sultan Agung.
Pangeran Benawa, yang merupakan putra mahkota Kerajaan Pajang, digulingkan oleh Arya Pangiri, menantu Sultan Hadiwijaya yang menjadi adipati Demak, atas bantuan Panembahan Kudus.