Struktur komando ganda Indonesia, yang mana Presiden adalah Pemimpin Komando sementara Menteri Pertahanan memiliki kebijakan formulasi dan otoritas administrasi terbatasi undang-undang, yang menjadi alasan prinsip dualisme ini.
Hukum yang ada meminjamkan struktur ambigu untuk hubungan antara Kementerian Pertahanan dan markas TNI.
Hal ini karena hukum yang ada menyatakan keduanya bekerja berdasarkan "kerjasama" dan "koordinasi" daripada tingkatan militer sampai kepemimpinan sipil.
Kurangnya kejelasan, seperti halnya staf kementerian sebagian besar diisi oleh petugas militer aktif, telah memberi TNI pengaruh informal cukup besar atas kebijakan pertahanan.
Memang reformasi militer pasca-Suharto telah mengukuhkan profesionalisme militer dan kontrol sipil.
Namun, karena Kementerian Pertahanan bukanlah bagian dari rantai komando operasional, maka secara institusional Kemenhan terkendala dalam menegaskan hak prerogatif sipil dalam merumuskan kebijakan pertahanan, mewakili kepentingan militer serta mengelola TNI.
Kehadiran Prabowo telah membuatnya berhasil mencapai otoritas tertinggi Kemenhan untuk membentuk kebijakan pertahanan dan mengendalikan kebijakan pengadaan senjata.
Pada kebijakan pertahanan, ia telah mencari cara menyeimbangkan perubahan dan kontinuitas institusional.