Keikutcampuran dua negara ini disebabkan oleh perang dengan Vietnam, yang berideologi Komunis.
Pasalnya, PKI saat menjadi partai terbesar di Indonesia, dengan 3,5 juta pendukung dan sekitar 20 juta warga terlibat dengan organisasinya.
Selain itu Israel juga mencium tentang pembantaian ini, namun mereka memilih diam saja.
Kementerian Luar Negeri Israel pernah membongkar segel dokumen yang memberikan informasi selama tahun 1950-an di Indonesia.
Dokumen-dokumen itu berisi segelintir hal yang diketahui agen mata-mata Israel meski bertentangan dengan pernyataan pemerintah Indonesia.
Israel saat itu melihat Soekarno sebagai penghambat dalam membangun hubungan Indonesia-Israel, dalam pandangan Perang Dingin Soekarno harus disingkirkan.
Mulai pertengahan 1950-an, Israel dan Indonesia melakukan interaksi informal, tentang pertahanan dan kemanan, tetapi tidak menjalin hubungan diplomatik.
Israel mengatakan, Indonesia tertarik mendapatkan pesawat tempur dan Israel.
Tetapi pemerintah Israel memutuskan untuk tidak menjual senjata ke Indonesia karena tiga alasan: