Pertama penolakan Indonesia untuk menjalin hubungan diplomatik formal dengan Israel, kedua kesulitan dalam menjaga kerahasiaan, dan ketiga risiko bahwa penjualan tersebut akan membahayakan hubungan Israel dengan negara-negara lain di kawasan itu.
Dalam telegram kepada direktur Kementerian Luar Negeri tertanggal 11 April 1958, diplomat Israel Walter Eytan menulis:
"Masalah ini tidak akan tetap menjadi rahasia, sebagaimana kesepakatan dengan Nikaragua dan Kuba tidak tetap menjadi rahasia. Setiap penjualan senjata ke Indonesia akan menimbulkan permusuhan dengan negara-negara Asia yang penting."
"Seperti yang kita lihat di Amerika Selatan, negara-negara Asia lainnya akan mendekati kita dengan permintaan serupa dan kita akan mendapat masalah serius, sama seperti kita mendapat masalah serius di Amerika Latin."
Pada pertemuan Kementerian Luar Negeri tanggal 4 April 1967, Menteri Luar Negeri Abba Eban merangkum hubungan antara Israel dan Indonesia saat itu,
"Kami sedang mencari kepemimpinan baru. Kami dapat menjangkau dan mendiskusikan beberapa hal praktis yang memungkinkan perwakilan Israel di Indonesia, untuk beberapa perusahaan pembangunan dan ekonomi. Masalah bolak-balik dan ada pasang surut. Semuanya didasarkan pada Sukarno yang digulingkan. "
Enam bulan setelah pebantaian itu, Mossad mengatakan mereka tahu siapa yang bertanggung jawab atas pembantaian itu.
Agen mata-mata Mossad, menulis laporan tertanggal 15 November 1966 sebagai berikut:
"Pada Oktober 1965, komunis mencoba mengambil alih pemerintahan dengan bantuan Cina daratan. Tentara berhasil menghentikan upaya pengambilalihan dan Partai Komunis dinyatakan ilegal. "