Belanda tetap pada pendirian bahwa Irian Barat bukan wilayah yang harus diserahkan ke Indonesia karena menurutnya orang-orang asli Papua memiliki perbedaan etnis dan ras dengan masyarakat Indonesia pada umumnya.
Maka, Belanda ingin menjadikan Irian Barat sebagai negara sendiri di bawah naungan Kerajaan Belanda.
Di sisi lain, Indonesia menghendaki seluruh wilayah bekas jajahan Belanda diserahkan, termasuk Irian Barat.
Terjadi perdebatan alot, akhirnya Perjanjian KMB hanya menyepakati bahwa pembahasan Irian Barat akan dilakukan setahun kemudian.
Adapun isi Perjanjian KMB beserta keterangan tambahan yang disepakati Indonesia dan Belanda adalah sebagai berikut:
- Belanda menyerahkan kedaulatan atas Indonesia yang sepenuhnya kepada Republik Indonesia Serikat dengan tidak bersyarat lagi dan tidak dapat dicabut, dan karena itu mengakui Republik Indonesia Serikat sebagai Negara yang merdeka dan berdaulat.
- Republik Indonesia Serikat menerima kedaulatan itu atas dasar ketentuan-ketentuan pada Konstitusinya; rancangan konstitusi telah diinformasikan kepada Belanda.
- Kedaulatan akan diserahkan selambat-lambatnja pada tanggal 30 Desember 1949.
Keterangan tambahan dari isi Perjanjian KMB, yaitu mengatakan:
Serah terima kedaulatan atas wilayah Hindia Belanda dari pemerintah kolonial Belanda kepada Republik Indonesia Serikat, kecuali Papua bagian barat.
Konferensi ditutup tanpa keputusan mengenai status Irian Barat. Karena itu pasal 2 menyebutkan bahwa Papua bagian barat bukan bagian dari serah terima, dan bahwa masalah ini akan diselesaikan dalam waktu satu tahun.
2. Dibentuknya sebuah persekutuan Belanda-Indonesia, dengan pemimpin kerajaan Belanda sebagai kepala negara.
3. Pengambilalihan utang Hindia Belanda oleh Republik Indonesia Serikat.