Selain menyerang Pati, Tumenggung Wiraguna juga pernah mendapat tugas menyerang benteng VOC di Batavia.
VOC ketika itu adalah kekuatan dagang baru di pesisir utara Pulau Jawa.
Meskipun baru, kekuatan Eropa ini berpotensi menggagalkan ambisi Mataram menguasai seluruh Jawadwipa.
Sultan Agung kemudian memerintahkan Tumenggung Wiraguna untuk memimpin pasukan Mataram mengepung Batavia, yakni pada 1645 dan 1646.
Pada pengepungan pertama, Tumenggung Wiraguna membawa sekitar 10.000 prajurit Mataram dan bergerak dari arah timur ke Batavia.
Tumenggung Wiraguna pun berhasil menembus pertahanan VOC dan mendekati benteng VOC di tepi pantai.
Akan tetapi, Wiraguna gagal menyerbu benteng itu karena kekurangan persediaan makanan dan senjata.
Sebaliknya, Tumenggung Wiraguna justru diserang balik oleh pasukan VOC.
Kendati demikian, Tumenggung Wiraguna tidak menyerah.
Dalam pengepungan kedua, Tumenggung Wiraguna membawa lebih banyak prajurit, yaitu 15.000 orang yang bergerak dari selatan menuju ke Batavia.
Wiraguna pun berhasil mengalahkan VOC di berbagai daerah dan mendekati benteng mereka lagi.
Namun, lagi-lagi mengalami kegagalan karena kekurangan persediaan.