Trunojoyo kemudian dibawa ke Batavia untuk diadili.
Di Batavia, Trunojoyo disiksa dan dihina oleh VOC. Dia dituduh sebagai pemberontak, pembunuh, perampok, dan penyembah berhala.
Dia juga dipaksa untuk menyaksikan eksekusi mati beberapa pengikutnya yang tertangkap.
Akhirnya, pada tanggal 8 November 1679, Trunojoyo dihukum pancung di depan umum di lapangan Weltevreden.
Dengan kematian Trunojoyo, pemberontakan Madura pun berakhir. Mataram Islam berhasil mempertahankan kekuasaannya atas Jawa Timur, meskipun dengan harga yang mahal.
Mataram harus menyerahkan sebagian wilayahnya kepada VOC sebagai imbalan atas bantuannya. Selain itu, Mataram juga harus membayar ganti rugi perang yang sangat besar kepada VOC.
Trunojoyo meninggalkan jejak sejarah yang tak terlupakan bagi rakyat Madura dan Jawa Timur.
Dia dianggap sebagai pahlawan yang berani melawan penindasan dan penjajahan.
Dia juga menjadi inspirasi bagi para pejuang kemerdekaan Indonesia di masa selanjutnya.
Meskipun gagal meruntuhkan Mataram Islam, Trunojoyo telah menunjukkan semangat perlawanan yang tak kenal menyerah.