Dia juga mengklaim sebagai pewaris sah dari Majapahit dan mengembalikan lambang-lambang kebudayaan Jawa kuno seperti gamelan dan wayang.
Namun, keberhasilan Trunojoyo tidak bertahan lama.
VOC yang khawatir akan ancaman Trunojoyo terhadap kepentingan dagangnya di Jawa Timur, memutuskan untuk membantu Amangkurat I menghadapi pemberontak.
VOC mengirimkan pasukan yang dipimpin oleh Kapten François Tack dan Kapten Anthonio Hurdt untuk berperang melawan Trunojoyo.
Perang antara Trunojoyo dan VOC berlangsung selama dua tahun, dengan berbagai pertempuran dan pengepungan.
Salah satu pertempuran terbesar terjadi di Kedungwuni pada bulan Desember 1678, di mana pasukan Trunojoyo berhasil mengalahkan pasukan VOC dan menewaskan Kapten Tack.
Namun, kemenangan ini tidak mampu menghentikan laju pasukan VOC yang terus mendesak ke arah Kediri.
Pada bulan Januari 1679, pasukan VOC berhasil menembus pertahanan Kediri dan menyerbu istana Trunojoyo.
Trunojoyo sendiri berhasil melarikan diri bersama beberapa pengikut setianya ke arah selatan. Dia bersembunyi di daerah pegunungan yang sulit dijangkau oleh musuh.
Namun, nasib Trunojoyo akhirnya terungkap oleh seorang pengkhianat yang bernama Kyai Tumenggung Wiraguna.
Dia memberitahu VOC tentang tempat persembunyian Trunojoyo dan menyerahkan dia kepada Kapten Hurdt pada bulan April 1679.
Baca Juga: Mengungkap Akhir Hayat Amangkurat III, Raja Mataram Islam yang Wafat di Pelukan VOC