Hal ini membuat VOC marah dan memihak kepada Pangeran Puger, yang bersedia untuk bekerja sama dengan VOC dan menandatangani perjanjian yang menguntungkan VOC.
Pelarian dan Kematian
Pada tahun 1705, VOC bersama dengan Pangeran Puger dan pasukannya menyerbu Kartasura, ibu kota Mataram saat itu.
Amangkurat III tidak mampu mempertahankan istananya dan terpaksa melarikan diri bersama dengan keluarga dan pengikutnya.
Ia berusaha mencari perlindungan dari para penguasa daerah lainnya, seperti Cirebon, Banten, dan Mataram Barat (Sumedang), tetapi ditolak karena takut dengan ancaman VOC.
Akhirnya, ia tidak punya pilihan lain selain mengungsi ke Batavia, markas besar VOC di Jawa. Di sana ia disambut dengan baik oleh Gubernur Jenderal VOC saat itu, yaitu Joan van Hoorn.
Ia diberi tempat tinggal yang layak dan mendapat tunjangan bulanan sebesar 600 gulden.
Namun, ia juga harus tunduk kepada VOC dan melepaskan semua hak dan klaimnya sebagai raja Mataram.
Ia juga harus menyerahkan beberapa barang berharga miliknya, seperti pusaka kerajaan, perhiasan, dan kain sutra.
Amangkurat III menghabiskan sisa hidupnya di Batavia tanpa bisa kembali ke tanah airnya.
Ia meninggal pada tahun 1734 karena sakit.
Jenazahnya kemudian dibawa ke Sri Lanka (Ceylon) oleh VOC dan dimakamkan di sana.
Makamnya berada di sebuah pemakaman Muslim di Galle, sebuah kota pelabuhan di Sri Lanka selatan.