Kemudian ketika terjadi referendum, warga balik ke tempat asal.
Muslim Timor Leste makin terkikis karena seperti dikutip dari Etan.org, saat puncak kekacauan Timor Leste dan para milisi mengamuk, kaum Muslim berlindung di sebuah masjid di Dili.
Mereka terus hidup di sana sampai saat ini, takut dengan orang-orang yang mencurigai mereka sebagai pendukung Indonesia.
Tahun 2001 lalu, terjadi serangan ke masjid di Dili tersebut yang dikutip oleh reliefweb.int, menyebabkan pejabat senior dari Administrasi Transisi PBB di Timor Leste (UNTAET) mengutuk serangan tersbeut.
"UNTAET berkomitmen membangun masyarakat damai menjunjung demokrasi di Timor Leste," ujar pelaksana tugas ketua Administrasi Transisi Jean-Christian Cady dalam pernyataannya dikutip reliefweb.int.
"Jantung demokrasi tersusun toleransi dan perlindungan hak minoritas. Minoritas Muslim di Timor Leste akan menikmati hak dan keuntungan yang sama dengan kaum beragama, sosial atau etnis lain, termasuk perlindungan dari otoritas.:
Masjid Anur adalah nama masjid tersebut dan kejadian penyerangan saat itu adalah 200 penghuninya jadi sasaran insiden pelemparan batu pada 1 dan 2 Januari 2001.
Pelakunya adalah 40 pria Timor Leste.
Masalah dimulai setelah penyerang menolak akses kepada salah satu mobil milik orang yang tinggal di masjid tersebut.
Dulunya tokoh-tokoh terkemuka Timor Leste seperti Pendeta Carlos Belo dan Xanana Gusmao serta Jose Ramos-Horta mengunjungi satu-satunya masjid di Timor Leste itu untuk memberikan dukungan.