Catatan sejarah mencatat berbagai teori mengenai kedatangan Islam.
Salah satunya menyebut datangnya bersamaan dengan penyebaran Islam oleh para pedagang Arab yang berlayar sampai ke pulau-pulau dekat dengan Maluku melalui jalur laut di selatan Sulawesi.
Dugaan lainnya adalah dilakukan oleh para ulama dari kerajaan-kerajaan Islam di sekitar Dili, seperti Gowa-Tallo, Ternate, dan bahkan Samudra Pasai.
Penduduk Arab datang ke Timor Leste, mereka adalah pendatang Arab Hadramaut yang tiba di Timor Leste sebelum Portugis.
Mereka baru menetap pada abad ke-17, dan setidaknya ada 26 keluarga Arab Hadramaut yang menetap di Dili sejak 1678 sampai 1975.
Mereka segera dicurigai oleh pemerintah kolonial Portugis, beberapa bahkan dipenjara tanpa sebab.
Arab Hadramaut kemudian tinggal di Kampung Alor, Dili bagian barat sejak abad ke-19.
Daerah itu menjadi pendaratan Marinir Indonesia dalam serangan ke Dili.
Portugis benar-benar mengubah wajah Islam di Timor Leste, dan kekuatan kolonialis mematikan budaya dan pengikut Islam.
Kemudian Portugis gencar melakukan Kristenisasi di daerah-daerah yang belum terjamah oleh Islam.
Kini jumlah Muslim yang tinggal di Timor Leste hanya ada 5000 jiwa, atau 3% dari total penduduk Timor Leste.
Rupanya hal ini karena banyak penduduk Muslim yang tinggal di Dili berasal dari Pulau Jawa yang ikut program transmigrasi pemerintah.