Ayanya meninggal pada 24 Februari 1777 dan Maria menjadi Ratu Pertaama Portugal.
Menurut adat Portugis, suaminya menjadi Raja, tetapi kekuasaan hanya ada pada Maria.
Maria mungkin yang paling diingat adalah kemerosotan mentalnya, yang pertama kali dicatat secara resmi pada tahun 1786 ketika dia dibawa kembali ke apartemennya dalam keadaan mengigau.
Keadaannya semakin memburuk jauh setelah kematian ayahnya, putra tertua dan ahli waris, dan putrinya.
Pada tahun 1792 dia dianggap gila mental, hingga menerima perawatan dari dokter yang merawat George III dari Inggris, yang menderita porfiria.
Putranya yang masih hidup, John, kemudian mengambil alih kendali pemerintahan, tetapi dia menolak sebuah kabupaten resmi, yang baru terjadi pada tahun 1799, melansir History of Royal Women.
Adik Maria, yaitu Mariana, juga mulai menunjukkan tanda-tanda kemunduran mental.
Pada tahun 1807, keluarga terpaksa melarikan diri ke Brasil setelah Perang Napoleon.
Maria, yang mengalami kemunduran mental, tidak mengerti apa yang terjadi dan terus bertanya kepada putranya, ‘Ke mana kamu akan membawa saya?’ dan ‘Apa yang saya lakukan di sini?’.
Pada tahun 1815, Brasil menjadi Kreajaan, dan Maria sekarang menjari Ratu Kerajaan Inggris Portugas, Brasil, dan Algarves.