Kalahnya Pangeran Puger menandai peralihan istana Mataram yang berada berada di Keraton Plered menjadi Keraton Surakarta.
Namun, naskah-naskah babad tetap memuji keberanian Pangeran Puger sebagai orang istimewa di Kartasura.
Meski yang menjadi raja adalah Amangkurat II, tetapi pemerintahakan kerajaan seolah-olah berada di bawah kendali adiknya itu.
Ketika Amangkurat II mangkat pada tahun 1703, dia digantikan oleh putranya, Amangkurat III, yang tidak disukai banyak orang karena sikapnya yang buruk, bahkan sempat mengirim pasukan untuk menumpas keluarga Pangeran Puger pada Mei 1704.
Tak heran bila situasi tersebut membuat banyak pihak istana yang justru mendukung Paneran Puger, bahkan Bupati Semarang bernama Rangga Yudanagara meminta bantuan Belanda.
Setelah diberi kekuasaan atas Madura, Belanda akhirnya mau membantu Pangeran Puger untuk merebut takhta Mataram.
Pada tanggal 6 Juli 1704, akhirnya Pangeran Puger dinobatkan sebagai raja Mataram ketujuh dengan gelar baru yang berbeda dari pendahulunya, yaitu Susuhunan Pakubuwana Senapati ing Ngalaga Abdurahman Sayyidin Panatagama Khalifatulah, atau Pakubuwana I.
Pakubuwana I dengan bantuan Belanda, berhasil merebut Keraton Kartasura dari Amangkurat III pada tanggal 17 September 1705.
Selama masa pemerintahannya, Pakubuwana I terlibat perjanjian baru dengan Belanda, yang salah satu isinya adalah Mataram harus mengirimkan 13.000 ton beras setiap tahunnya.
Atas kerja sama tersebut, maka periode pemerintahan Pakubuwono I tergolong aman, karena semua pergolakan yang mengancam takhtanya dapat ditumpas dengan bantuan Belanda.