Pangeran Puger yang akhirnya menggantikan kakak tirinya tersebut untuk membuktikan kepada ayahnya bahwa tidak semua anggota keluarga Kajoran terlibat dalam pemberontakan Trunojoyo.
Sayangnya, kekuatan musuh sangat besar, yang membuat Pangeran Puger kewalahan menghadapi Trunojoyo, sehingga terpaksa menyingkir ke desa Jenar.
Di tempat ini Pangeran Puger membangun istana bernama Keraton Purwakanda, lalu mengangkat dirinya menjadi raja bergelar Susuhunan ing Ngalaga atau Sunan Ngalaga.
Setelah Trunojoyo merampas harta pusaka Mataram, dan pindah ke markasnya di Kediri, Sunan Ngalaga kembali ke Keraton Plered menumpas sisa-sisa pengikut Trunojoyo, dan mengangkat dirinya sebagai raja Mataram yang baru.
Sementara itu, Amangkurat I yang mangkat di pengungsiannya di Banyumas, menunjuk Raden Mas Rahmat untuk menggantikannya sebagai Raja Mataram yang baru dengan gelar Amangkurat II.
Sesuai wasiat ayahnya, Amangkurat II meminta bantuan kepada VOC Belanda.
Karena Keraton Plered diduduki oleh Sunan Ngalaga, adiknya sendiri, maka Amangkurat II membangun istana baru di hutan Wanakarta, yang kemudian diberi nama Keraton Kartasura pada bulan September 1680.
Sunan Ngalaga menolak bergabung ketika Amangkurat II mengajaknya untuk bergabung, hingga terjadilah perang saudara.
Namun, akhirnya pada tanggal 28 September 1681, Sunan Ngalaga menyerah kepada VOC yang membantu Amangkurat II.
Sunan Ngalaga kembali bergelar sebagai pangeran dan mengakui kedaulatan kakaknya sebagai Amangkurat II.