Setelah serangan 9/11 di Menara Kembar, New York City, AS, Siddiqui bersikeras meminta kepada suaminya bahwa keluarganya pindah ke Pakistan.
Ketika mereka melakukannya, dia ingin pindah ke perbatasan Pakistan dengan Afghanistan untuk memberikan bantuan medis kepada gerilyawan Taliban yang berperang melawan AS, menurut Majalah Harper.
Siddiqui mulai menarik perhatian FBI ketika dia dan suaminya membeli pelindung tubuh senilai $10.000, kacamata night-vision dan buku panduan militan seperti Fugitive, Advanced Fugitive, The Anarchist's Arsenal dan How to Make C-4, menurut laporan di Harper's, The Guardian dan Boston Magazine.
Pernikahan Siddiqui mulai berantakan karena kekerasan fisik dari Khan serta minat Sidiqqui yang semakin besar dalam jihad, sampai pasangan itu bercerai pada 2002, menurut Deborah Scroggins dalam "Wanted Women."
Khan menduga Siddiqui telah terlibat dengan kelompok-kelompok ekstremis, dan dia menikah dengan tersangka anggota al-Qaeda Ammar al-Baluchi pada tahun 2003.
Baluchi adalah keponakan dalang 9/11 Khaled Sheikh Mohammed (KSM), menurut Direktur Intelijen Nasional AS.
Baca Juga: Disebut Tonggak Lahirnya Orde Baru, Apa yang Dimaksud dengan Tritura?
Pemerintah AS menuduh bahwa Siddiqui terlibat dalam plot oleh sel al-Qaeda untuk melakukan serangan di AS, Inggris dan Pakistan.
Sel tersebut, yang dipimpin oleh KSM, berencana untuk menyabotase SPBU dan tangki penyimpanan bawah tanah dan meracuni atau menghancurkan fasilitas pengolahan air, tulis Scroggins.
Ketika Siddiqui menghilang bersama anak-anaknya dalam apa yang dia klaim sebagai perjalanan ke Islamabad, FBI merilis "peringatan di seluruh dunia" untuk dia dan Khan, menurut Scroggins dan BBC.
Pada tahun 2004, Jaksa Agung John Ashcroft saat itu menyatakan bahwa Siddiqui adalah salah satu dari tujuh tersangka dalam daftar FBI dari tujuh buronan al-Qaeda yang paling dicari dan merupakan "bahaya nyata bagi AS," Scroggins dan The Los Angeles Times menulis.