Belanda kemudian mengirim ekspedisi militer ke Bali pada September 1906 untuk menyerang Kerajaan Badung, akibat penolakan raja Badung tersebut.
Dengan segenap kekuatan militer Kerajaan Badung, Belanda berhadapan di pintu gerbang ibukota Badung menghadapi kekuatan militer Kerajaan Badung yang dipimpin langsung oleh raja.
Mengutip dari buku Puputan Badung 20 September 1906; Perjuangan Raja dan Rakyat Badung Melawan Kolonialisme Belanda, karya Anak Agung Gde Putra Agung dkk (1999), militer Kerajaan Badung saat itu terdiri dari berbagai kalangan, mulai dari tentara, pengawal raja, kerabat kerajaan, pendeta, dan rakyat laki-laki maupun perempuan.
Pasukan militer dari berbagai kalangan itu siap melakukan puputan, yaitu berperang sampai titik darah terakhir, karena berdasarkan kepercayaan mereka dalam agama Hindu, menyerah dalam pengasingan adalah kehinaan.
Seluruh elemen kerajaan pun turut berperang melawan Belanda, dan kemudian ini dikenal sebagai peristiwa Puputan Badung.
Setelah peristiwa puputan tersebut, Kerajaan Badung resmi jatuh ke tangan Belanda.
Putra mahkota I Gusti Ngurah Made Agung, yaitu I Gusti Ngurah Alit, kemudian diasingkan ke Lombok ketika Badung dikuasai oleh Belanda.
Namun, atas desakan tokoh masyarakat di Lombok, I Gusti Ngurah Alit akhirnya dikembalikan ke Bali.
Pada tahun 1929, Puri Agung Denpasar yang hancur saat puputan telah diperbaiki, I Gusti Ngurah Alit pun diangkat sebagai Bupati Badung dengan gelar Cokorda Alit Ngurah.
Badung bersama dengan daerah di Bali lainnya ditetapkan sebagai daerah swapraja yang dipimpin oleh keturunan raja-raja Bali yang tergabung dalam federasi raja-raja atau disebut Paruman Agung, oleh pemerintah kolonial Belanda.