Intisari-Online.com - Pada Januari 1999, presiden baru Indonesia, BJ Habibie, mengumumkan bahwa Timor Lorosa'e dapat memiliki otonomi luas atau pemisahan cepat dari Indonesia.
Pada awal Mei, CIA menambahkan penilaiannya bahwa rencana Habibie untuk Timor Timur mendapat sedikit dukungan dari kalangan militer senior, termasuk Wiranto.
Para pejabat Amerika jelas menyadari TNI mendukung milisi, tetapi desakan diplomatik tidak berpengaruh.
Bulan berikutnya, ketika misi PBB di Timor Timur (Unamet) bersiap untuk ditempatkan gun mengawasi referendum, juru bicara PBB secara terbuka mengkritik penanganan Indonesia atas Timor Timur.
Pejabat kedutaan diberitahu laporan yang “dapat dipercaya” bahwa Kopassus - pasukan khusus TNI - telah mengarahkan agen milisi untuk menculik atau mencelakai anggota Unamet, dan bahwa itu adalah prosedur operasi standar bagi militer untuk “menyerahkan pekerjaan kotornya kepada milisi”.
Seorang pejabat politik Unamet mengatakan kepada staf kedutaan bahwa mereka menyadari pernyataan kritis akan menghasilkan reaksi yang tajam tetapi “menjadi jelas bahwa protes dengan militer di balik pintu tertutup tidak menghasilkan apa-apa”, dan bahwa situasi yang tidak dapat diterima di Timor Timur semakin memburuk.
Pada tanggal 21 Mei, petugas kedutaan diberi tahu bahwa “milisi berencana untuk 'menyambut' kontingen pertama penasihat polisi Unamet dengan senjata mereka merupakan kepercayaan umum.
Staf kedutaan mengunjungi Liquica pada bulan Juni dan melaporkan “jelas bahwa militer Indonesia dan milisi pro-integrasi, bekerja sama dengan erat, sedang melaksanakan kebijakan bumi hangus”.