Di antara tahanan lain yang ditahan adalah orang Portugis yang dideportasi Manuel Viegas Carrascalao , yang kemudian dibebaskan karena berperilaku baik.
Tahanan ditempatkan di bawah tanah, terendam sampai lutut di air asin dari laut terdekat.
Penganiayaan dikatakan telah menjadi praktik umum, dan termasuk mencampur pecahan kaca dengan makanan narapidana.
Selama Perang Dunia II, bom Australia dan Jepang jatuh di bangunan penjara tersebut.
Setelah invasi Jepang ke Timor Portugis pada tahun 1942, bangunan penjara yang tahan hujan lebat diubah oleh Jepang menjadi pos komando.
Setelah Perang Dunia II berakhir, bangunan yang rusak tidak dipulihkan.
Pada Mei 2012, bertepatan dengan peringatan 10 tahun pemulihan kemerdekaan Timor Timur, dan seratus tahun Perang Manufahi, Menteri Kebudayaan meluncurkan proyek restorasi yang bertujuan mengubah reruntuhan Penjara Ai Pelo menjadi museum.
Selama tahun itu, sebuah pameran sementara tentang sejarah bangunan dikembangkan dan dipasang.