Rapat kedua adalah rapat kabinet yang dijadwalkan pada 11 Maret, tapi, rumor beredar menyebut Soekarno telah dikepung oleh tentara tidak dikenal.
Soekarno yang saat itu di istana, segera meninggalkan istana menuju Bogor, dan malam itu ia menandatangani dokumen Supersemar atau Surat Perintah Sebelas Maret yang menyatakan pemindahan kekuasaan untuk mengembalikan tatanan kepada Mayjen Soeharto.
Soeharto segera melarang PKI dan bergerak mengukuhkan posisinya sebagai kepala pemerintahan yang efektif.
Pada Maret 1967 MPR menjadikan Soeharto sebagai pelaksana tugas presiden, dan ia ditunjuk menjadi Presiden kedua RI Maret 1968.
Soekarno, sementara itu, ditahan menjadi tahanan rumah sampai kematiannya pada 21 Juni 1970.
Baru kemudian diketahui dari otobiografi Soeharto, ia mengakui jika ia sering berhubungan dengan para pengunjuk rasa mahasiswa selama periode ini.
Soekarno sementara itu, sudah sering memintanya menghentikan demonstrasi.
Setelah kudeta besar-besaran terlaksana, Soeharto melaksanakan kebijakan baru bernama Orde Baru, mengakhiri konfrontasi dengan Malaysia, lalu Indonesia bergabung kembali dengan PBB.