Padahal penggunaan Tu-16 dalam konflik Irian Barat sebenarnya sudah dirancang secara matang karena semua Tu-16 akan digunakan dalam Operasi Djajawidjaja yang akan digelar pada 12 Agustus 1962.
Armada Tu-16 AURI pada saat itu telah ditempatkan di bagian penyerang.
Kombinasi kekuatan tempurnya terdiri 20 Tu-16, enam pesawat pengebom taktis Il-28, enam pesawat Mustang P-51, dan enam pesawat B-25 serta B-26.
Sebagai pesawat pengebom strategis, Tu-16 yang sejak awal dijagokan untuk menenggelamkan kapal-kapal perang Belanda dalam Operasi Djajawijaja justru berperan sebagai pesawat pelindung (air cover).
Operasi Djajawijaja yang dilindungi oleh payung udara dan terdiri dari puluhan Tu-16 melibatkan sebanyak 120 kapal perang, 15.000 aggota marinir (KKO), dan 30.000 prajurit Infanteri Angkatan Darat.
Seluruh pasukan yang dikerahkan sudah dimobilisasi sejak bulan Juli 1962 dan kemudian menuju titik kumpul di Teluk Peleng,yang berada di Kawasan Banggai yang hanya berjarak 900 mil (1.448 km) dari Kota Biak.
Selama berada di kawasan strategis itu, semua pasukan yang berkumpul dilindungi oleh pesawat-pesawat tempur AURI seperti MIG-17, AS-4 Gannet, dan pesawat pengebom paling ditakuti musuh, Tu-16/Tu-16 KS.
Sesuai rencananya pesawat Tu-16 memang akan menjadi kekuatan utama yang berperan untuk menghancurkan kekuatan militer Belanda di Irian Barat secara total.
Pada hari H yang telah ditentukan yakni pada 12 Agustus 1962, kota Biak akan direbut melalui serangan dari udara oleh pasukan parakomando AURI.
Setelah itu disusul oleh serangan dan pendaratan operasi amfibi dengan perlengkapan militer yang diyakini bisa segera menghabisi seluruh kekuatan musuh.
Jika dalam fase itu Tu-16 mulai menjatuhkan bom-bom mautnya, kekuatan darat Belanda di Irian Barat pasti kocar-kacir.
Target penguasaan Irian Barat sebelum perayaan HUT RI pada 17 Agustus bisa dimungkinkan tercapai.
Namun, Belanda yang sejak awal tidak mau menjadi korban amukan Tu-16 AURI akhirnya memilih berunding secara damai.