Komando berdiri sendiri sebagai task force dengan misi tertentu.
Hampir semua kekuatan yang akan dilibatkan dalam Operasi Trikora belum siap. Bahkan semua kekuatan udara masih stand by di Jawa. Namun ternyata Angkatan Darat telah mendahului dengan melakukan penyusupan sukarelawan.
Untuk melaksanakan misi itu, AD minta bantuan ALRI untuk mengangkut pasukan dari Jakarta menuju pantai Irian. Sedangkan AURI hanya diminta mengerahkan dua pesawat Hercules untuk mengangkut pasukan dari Jakarta menuju target yang nantinya ditentukan oleh ALRI.
Karena misi itu sangat rahasia, di Mabes AURI hanya beberapa petinggi yang mengetahui. Walaupun nyatanya tidak rumit, hanya mengangkut pasukan ke sebuah pangkalan di dalam negeri dengan terbang rendah. Batas tugas AURI hanya memindahkan pasukan dengan Hercules, selebihnya tidak menjadi tanggung jawab Mabes AURI.
Pada 12 Januari 1962, pasukan berhasil didaratkan di Letfuan. Kedua Hercules kembali ke pangkalan, dan AURI pun menjalankan tugas rutinnya. Namun tanggal 18 Januari muncul situasi yang kurang mengenakkan, saat ada pimpinan angkatan lain melapor ke Bung Karno bahwa tidak adanya perlindungan dari AURI telah menyebabkan sebuah operasi gagal.
Sampai saat itu pihak AURI belum mengetahui apa yang sebenarnya terjadi. Apa yang dimaksudkan operasi, dan apanya yang gagal?
Ternyata pada 15 Januari telah terjadi kontak senjata antara armada ALRI dengan AL Belanda di Laut Aru yang menyebabkan gugurnya Komodor Yos Sudarso dan prajurit-prajurit ALRI lainnya. Kalau dikatakan AURI tidak melindungi kapal beserta para prajurit ALRI, bukankah tugas AURI hanya mengangkut pasukan dengan dua Hercules dalam operasi penyusupan ke Irian?
Tidak ada kesalahan dalam peristiwa itu, namun AURI disalahkan. Padahal mereka yang tahu rumitnya mengkoordinasikan operasi udara, apalagi dengan pengeboman untuk melindungi kapal perang, pasti akan berpikir seratus kali lipat untuk menudingkan kesalahan seperti itu.
Tapi begitulah. Orang yang tidak tahu, dan tidak mau tahu, telah menudingkan kesalahan - dan pemegang kekuasaan tertinggi pun membenarkan.
Yos Sudarso kobarkan semangat tempur
Hari H untuk pelaksanaan operasi penyusupan adalah Senin, 15 Januari 1962. Pada H minus tiga (H-3), semua kapal ALRI telah merapat di rendezvous point di sebuah pulau di Kepulauan Aru.
Pasukan yang sudah diturunkan dari Hercules AURI juga sudah diangkut kapal dari Letfuan menuju pulau tersebut. Pada hari pertama di titik itu, pesawat-pesawat Belanda sudah datang mengintai. Hal yang sama terjadi pada H -2 dan H-l.