Pecahnya Perang Dunia II tahun 1939 membuatnya tidak bisa pulang ke Belanda karena telah dikuasai Jerman. Pemuda Visser yang berusia 25 tahun terpanggil memasuki dunia militer untuk membela Belanda yang telah diinvasi Jerman.
Dia mendaftarkan diri pada dinas ketentaraan Belanda yang mengungsi ke Inggris dan membentuk kekuatan baru di sana. Tahun 1940 ia masuk dinas militer sukarela Tentara Sekutu yang berperang melawan Jerman.
Tugas pertamanya sebagai tentara menjadi sopir Ratu Wilhelmina. Selang setahun berdinas, ia mengundurkan diri. Ia lalu mendaftarkan diri sebagai operator radio di Pasukan Belanda ke-2 (2nd Dutch Troop).
September 1944, ia merasakan operasi tempurnya yang pertama bersama pasukan Sekutu dalam Operasi Market Garden. Pasukan tempat Visser bertugas termasuk ke dalam Divisi Lintas Udara 82 Amerika Serikat. Ia dan pasukannya diterjunkan melalui pesawat layang, lalu mendarat di wilayah konsentrasi pasukan Jerman.
Dua bulan kemudian saat pasukan dikumpulkan kembali, Visser digabungkan dengan pasukan Sekutu lain untuk operasi pendaratan amfibi di Walcheren, kawasan pantai di bagian selatan Belanda.
Pendidikan komando ditempuhnya di Commando Basic Training di Achnacarry di pantai Skotlandia yang tandus, dingin dan tak berpenghuni. Setelah menjalani latihan khusus yang keras dan berat, ia berhak menyandang brevet Glider (baret hijau).
Agus N. Cahyo menulis dalam Tragedi Westerling Sang Pembantai Rakyat Indonesia, seorang instruktur Inggris pernah mengatakan pelatihan ini sebagai "it’s hell on earth" (neraka di dunia). Pelatihan dan pelajaran yang diperoleh antara lain berkelahi dan membunuh tanpa senjata, membunuh pengawal, penembakan tersembunyi, perkelahian tangan kosong, berkelahi dan membunuh tanpa senjata api.
Sedangkan baret merah diperoleh melalui pendidikan komando di Special Air Service (SAS), pasukan komando Kerajaan Inggris yang sangat legendaris.
Pendidikan khusus lain yang diikutinya memberikannya wing penerbang, yaitu saat menjalani pendidikan dasar pasukan payung di India bertepatan dengan perang melawan Jepang. Visser mengantongi lisensi penerbang PPL-I dan PPL-II, juga menjalani pendidikan spesialisasi bren, pertempuran hutan, dan belajar bahasa Jepang.
Dalam periode PD II (1940-1945), berbagai operasi militer diikutinya seperti operasi di Birma, operasi pendaratan udara di antara Arnhem dan Eindhoven di Belanda, operasi laut di Pulau Walcheren, dan operasi pembebasan Belanda dari cengkeraman Jerman.
Visser juga sempat mengikuti Sekolah Perwira karena dianggap berprestasi sebelum dikirim ke Asia. Lalu ia bergabung dengan Koninklijk Leger untuk memukul Jepang di Indonesia, meski Jepang keburu mundur dari Indonesia sebelum pasukan Visser sempat dikirim.