Dalam perdebatan mengenai bentuk negara, Latuharhary mengusulkan bentuk bondstaat, sedangkan dalam hal mukadimah, dia tidak dapat menerima tujuh kata pada sila Ketuhanan (Piagam Jakarta) karena hal itu mempunyai konsekuensi yang sangat luas bagi para pemeluk agama yang bukan Islam, dan ini dapat mengakibatkan perpecahan.
Karena itu, Johannes Latuharhary minta supaya di dalam UUD diadakan pasal-pasal yang jelas tentang hal ini. Ia menolak pendapat Wachid Hasjim yang ingin mendirikan Negara Islam.
Latuharhary mengemukakan bahwa usul tersebut membahayakan kesatuan dan persatuan Indonesia. Menurutnya, daerah-daerah dengan penduduk mayorita beragama Kristen seperti Maluku, Minahasa, dan lain-lain tidak akan bersedia menggabungkan diri dengan Indonesia yang bercorak islamis itu.
Persoalan mukadimah yang terkesan ingin mendirikan Negara Islam itu akhirnya bisa diselesaikan oleh Mohammad Hatta dengan mengajak beberapa tokoh Islam dalam PPKI untuk membicarakan dan memperbaiki rumusan yang telah disetujui dalam BPUPKI sebelumnya.
Ketika Bung Karno membacakan proklamasi kemerdekaan Republik Indonesia pada 17 Agustus 1945, Johannes Latuharhary adalah salah satu pemimpin yang hadir di Pegangsaan Timur 56. Pada 19 Agustus 1945 PPKI bersidang. Salah satu keputusannya adalah Daerah Negara Indonesia dibagi delapan provinsi yang masing-masing dikepalai oleh seorang gubernur. Provinsi-provinsi tersebut adalah Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Sumatra, Borneo, Sulawesi, Maluku, dan Sunda Kecil.
Maluku sebagai salah satu provinsi dikepalai oleh seorang gubernur. Untuk jabatan itu diangkat Johannes Latuharhary. Tapi sayang, kedudukannya terpisah dari daerah Maluku dan rakyatnya.
Hal ini disebabkan keadaan politik dan kesukaran perhubungan waktu itu yang tidak memungkinkannya berangkat ke Maluku, apalagi daerah itu telah diduduki Australia yang kemudian menyerahkannya kepada Belanda.
Pada 5 September 1945 di rumah Mr. J. Latuharhary, pemuda Maluku membentuk Angkatan Pemuda Indonesia Ambon (API Ambon). Organisasi ini telah banyak memberikan bantuan terhadap pemerintah yang dipimpin Mr. J. Latuharhary. Melalui seruan-seruan dan maklumat yang dikeluarkan organisasi ini, Mr. J. Latuharhary dapat menyadarkan dan mempersatukan rakyat daerah Maluku.
Sumber: Tokoh-tokoh Badan Penyelidik Usaha-usaha Persiapan Kemerdekaan Indonesia Jilid II, Departemen Pendidikan Dan Kebudayaan Direktorat Sejarah dan Nilai Tradisional, Proyek Inventarisasi dan Dokumentasi Sejarah Nasional: Jakarta, 1993