Tak banyak catatan sepulangnya di Tanah Air. Ia dipercaya menjadi konservator pada Lembaga Kumpulan Koleksi Benda-benda Seni. Beberapa lukisan potret keluarga keraton dan pemandangan menunjukkan ia tetap berkarya. Yang lain, ia bercerai dengan istri terdahulu lalu menikahi gadis keluarga ningrat keturunan Keraton Solo.
Di Batavia ia tinggal di villa di sekitar Cikini. Gedungnya dibangun sendiri menurut teknik sesuai dengan tugasnya sebagai seorang pelukis. Sebagai tanda cinta terhadap alam dan isinya, ia menyerahkan sebagian dari halamannya yang sangat luas pada pengurus kebun binatang. Kini kebun binatang itu menjadi Taman Ismail Marzuki. Sementara rumahnya menjadi RS Cikini, Jakarta.
Tahun 1875 ia berangkat lagi ke Eropa bersama istrinya dan baru kembali ke Jawa tahun 1878. Selanjutnya, ia menetap di Bogor sampai wafatnya pada 23 April 1880 siang hari, konon karena diracuni pembantu yang dituduh mencuri lukisannya. Namun dokter membuktikan, ia meninggal karena trombosis atau pembekuan darah.
Tahun 1883, untuk memperingati tiga tahun wafatnya diadakan pameran-pameran lukisannya di Amsterdam, di antaranya yang berjudul Hutan Terbakar, Berburu Kerbau di Jawa; dan Penangkapan Pangeran Diponegoro. Lukisan-lukisan itu dikirimkan antara lain oleh Raja Willem III dan Pangeran Van Saksen Coburg-Gotha.
Memang banyak orang kaya dan pejabat Belanda, Belgia, serta Jerman yang mengagumi pelukis yang semasa di mancanegara tampil "aneh" dengan berpakaian adat ningrat Jawa lengkap dengan blangkon. Di antara mereka adalah bangsawan Saksen Coburg-Gotha, keluarga Ratu Victoria, dan sejumlah gubernur jenderal seperti van den Bosch, Baud, dan Daendels.
Tak sedikit pula yang menganugerahinya tanda penghargaan, yang kemudian selalu ia sematkan di dada. Di antaranya, bintang Ridder der Orde van de Eikenkoon (R.E.K.), Commandeur met de ster der Frans Joseph Orde (C.F.J.), Ridder der Kroonorde van Pruisen (R.K.P.),. Ridder van de Witte Valk (R.W.V.), dll.
Sedangkan penghargaan dari pemerintah Indonesia diberikan tahun 1969 lewat Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, secara anumerta berupa Piagam Anugerah Seni sebagai Perintis Seni Lukis di Indonesia.
Wujud perhatian lain adalah, pembangunan ulang makamnya di Bogor yang dilakukan oleh Ir. Silaban atas perintah Presiden Soekarno, sejumlah lukisannya dipakai untuk ilustrasi benda berharga negara, misalnya akhir tahun 1967 PTT mengeluarkan perangko seri Raden Saleh dengan reproduksi dua lukisannya bergambar binatang buas yang sedang berkelahi.
Penganut romantisme
Mungkin Raden Saleh memang ditakdirkan untuk selalu "dekat" dengan orang Belanda. Mulai dari bekerja melukis, belajar melukis secara modern, melanglang Eropa, plus pesanan melukis, semua karena bantuan orang-orang Belanda.
Apa karena itu sampai akhir hayat ia memilih predikat sebagai pelukis Kerajaan Belanda? Seperti tertulis pada prasasti makamnya di Bondongan, Bogor, "Raden Saleh Djoeroegambar dari. Sri Padoeka Kandjeng Radja Wolanda."
Kalimat di nisan itulah yang sering melahirkan banyak tafsir yang memancing perdebatan berkepanjangan tentang visi kebangsaan Raden Saleh. Namun, soal nasionalis atau tidak seorang pelukis macam Raden Saleh, tidaklah terlalu penting, kecuali sebagai bagian kehidupan yang mempengaruhi setiap karyanya.