Pasukan Trunojoyo juga membakar sejumlah kota pantai lainnya seperti Gresik, Jepara, dan Cirebon.
Pada akhirnya, Amangkurat I terpaksa melarikan diri dari keraton Plered menuju ke timur, tetapi meninggal di Tegalwangi pada tahun 1677.
Kematian Amangkurat I pada tahun 1677 dinilai menjadi akhir dari Pemberontakan Trunojoyo.
Walau begitu, saat posisi pemerintahan diisi oleh Amangkurat II naik tahta sebagai raja Mataram untuk menggantikan ayahnya, Trunojoyo masih gencar melakukan perlawanan.
Di sisi lain, setelah kemenangannya di Plered, Pangeran Adipati Anom dan Trunojoyo yang sebelumnya bersekutu justru terlibat konflik.
Trunojoyo tidak memenuhi kesepakatan sebelumnya untuk menyerahkan kekuasaan kepada Pangeran Adipati Anom, yang naik tahta dengan gelar Amangkurat II.
Tapi sebagai penerus ternyata Amangkurat II tidak memiliki kekuatan militer yang cukup untuk menghadapi pasukan Trunojoyo.
Akibatnya, Pangeran Adipati Anom memilih untuk beralih ke pihak ayahnya dan meminta bantuan VOC yang saat itu sedang berperang melawan Makassar untuk memadamkan perang Trunojoyo.
VOC bersedia membantu Amangkurat II meredam perlawanan Trunojoyo dengan syarat ia harus membayar biaya perang dan menyerahkan beberapa wilayah pesisir kepada VOC sebagai jaminan.
Pada 1677, VOC mengirimkan pasukan di bawah komando Cornelis Speelman untuk membantu Amangkurat II melawan Trunojoyo.
Pasukan VOC juga didukung oleh Arung Palakka, pemimpin Bugis yang telah berdamai dengan VOC setelah kekalahan Makassar.
Pasukan gabungan VOC-Mataram-Bugis berhasil mengalahkan pasukan Trunojoyo di sejumlah pertempuran, seperti di Kertosono (1678), Kediri (1678), dan Madiun (1679).