Tak hanya itu Pemberontakan Trunojoyo juga dipengaruhi oleh keterlibatan VOC dalam urusan politik di Jawa.
Setelah Amangkurat I naik tahta memerintah Kerajaan Mataram Islam pada tahun 1646 menggantikan Sultan Agung, terjadi ketidakpuasan terhadap pemerintahannya.
Trunojoyo yang merupakan keturunan penguasa Madura tidak senang dengan kebijakan Amangkurat I yang mencampuri urusan internal Madura.
Pada 1674, Cakraningrat II diculik oleh pasukan Mataram dan dibuang ke Kediri, yang memicu reaksi keras dari Trunojoyo.
Sejak itu, Trunojoyo mulai memimpin pemberontakan melawan Mataram, khususnya kebijakan Amangkurat I.
Hingga pada tahun 1674, Trunojoyo yang berhasil merebut kekuasaan Madura dan memproklamirkan diri sebagai raja merdeka di Madura Barat.
Laskar Madura yang dipimpin oleh Trunojoyo juga menjalin kerja sama dengan Karaeng Galesong, pemimpin kelompok pelarian asal Makassar.
Karaeng Galesong adalah pendukung Sultan Hasanuddin yang telah dikalahkan VOC.
Kelompok Karaeng Galesong yang berpusat di Demung, Panarukan tersebut setuju untuk mendukung Trunojoyo memerangi Amangkurat I yang bekerja sama dengan VOC.
Di bawah pimpinan Trunojoyo, pasukan gabungan orang-orang Madura, Makassar, dan Surabaya berhasil mendesak pasukan Amangkurat I.
Pada 1676, pasukan Trunojoyo mengalahkan pasukan Mataram di Gegodog, dekat Tuban.
Kemenangan ini membuka jalan bagi Trunojoyo dan pasukannya untuk menyerang dan merebut Surabaya, kota pelabuhan terbesar di Jawa Timur.