Permintaan Soeharto dianggap biasa oleh Soekarno.
Maka, pada 11 Maret 1996 sore di Istana Bogor, Soekarno menandatangani surat perintah untuk mengatasi keadaan.
Supersemar pada pokoknya memberi kewenangan pada Soeharo untuk mengambil segala tindakan yang dianggap perlu untuk terjaminnya keamanan dan ketertiban serta jalannya pemerintahan.
Namun pada praktiknya, Supersemar diartikan Soeharto untuk mengambil alih kekuasaan dari Soekarno.
Setelah mengantongi Supersemar, Soeharto mengambil sejumlah keputusan lewat SK Presiden No 1/3/1966 tertanggal 12 Maret 1966 atas nama Presiden/Panglima Tertinggi ABRI/Mandataris MPRS/PBR.
Keputusan tersebut berisi:
1. Pembubaran PKI beserta ormasnya dan menyatakannya sebagai partai terlarang
2. Penangkapan 15 menteri yang terlibat atau pun mendukung G30S
3. Pemurnian MPRS dan lembaga negara lainnya dari unsur PKI dan menempatkan peranan MPRS sesuai UUD 1945.
Soekarno yang diasingkan tak bisa berbuat banyak.
Sementara Soeharto mendapat kekuasaan yang semakin besar.
Hingga pada 22 Juni 1966, Soekarno menyampaikan pidato pertanggungjawaban di Sidang MPRS.