1. Kurangnya kewenangan presiden dalam menjalankan kebijakan pemerintah, karena harus selalu mengikuti arahan dari parlemen.
2. Sering terjadi pergantian kabinet dan koalisi partai yang tidak stabil, karena adanya persaingan politik yang sengit di antara partai-partai yang berbeda ideologi dan kepentingan.
3. Kurangnya integrasi nasional dan kesatuan bangsa, karena adanya perbedaan status dan hak antara negara-negara bagian yang berdampak pada ketimpangan pembangunan dan kesejahteraan.
Sistem pemerintahan parlementer pada masa RIS juga memiliki beberapa kelebihan, antara lain:
1. Meningkatnya partisipasi politik dan demokrasi rakyat, karena adanya peran aktif dari partai-partai dan organisasi-organisasi masyarakat dalam proses pembuatan keputusan.
2. Mendorong terciptanya keseimbangan kekuasaan dan pengawasan antara eksekutif dan legislatif, karena adanya mekanisme pertanggungjawaban dan interpelasi dari parlemen terhadap pemerintah.
3. Memperkuat hubungan diplomatik dan kerjasama internasional, karena adanya pengakuan resmi dari Belanda dan negara-negara lain terhadap kedaulatan dan kemerdekaan Indonesia.
Demikian artikel tentang seperti apa sistem pemerintahan yang berlaku pada masa Republik Indonesia Serikat.