Daendels mengubah secara radikal status semua kerajaan di bekas wilayah VOC menjadi bawahan dari Kerajaan Belanda.
Karena itu, dia memerintahkan Raja Jawa tunduk kepada Raja Belanda.
Daendels juga memberlakukan aturan bahwa hak pengelolaan hutan harus diserahkan kepada pemerintah kolonial.
HB II menolak semua perubahan tersebut dengan tegas.
Suatu hari, Daendels datang ke Yogyakarta dengan membawa 3.300 pasukan untuk memaksa HB II.
HB II akhirnya harus turun takhta, dan posisinya digantikan oleh putranya, Raden Mas Surojo, yang kemudian diberi gelar Hamengkubuwono III.
HB III yang dibantu naik menjadi raja Mataram harus menandatangani kontrak dengan Belanda dengan syarat-syarat yang tidak adil.
Namun, perjanjian yang ditandatangani pada Januari 1811 itu tidak sempat berlaku.
Sebab, Inggris datang dan mengusir Belanda.
HB II memanfaatkan kesempatan ini untuk merebut kembali takhtanya.
Saat itu, ia menurunkan status Sri Sultan Hamengku Buwono III yang sebelumnya sempat menjadi Raja Yogyakarta, kembali ke posisi awalnya, yaitu Putra Mahkota.
Di bawah komando Letnan Gubernur Inggris, Thomas Stamford Raffles, Keraton Yogyakarta diserbu oleh prajurit Sepoy asal India pada tanggal 20 Juni 1812.