Orang-orang Makassar ini juga menaruh dendam terhadap Amangkurat I yang pernah melecehkan Sultan Hasanuddin.
Dalam perkembangannya, pasukan Trunojoyo pun semakin kuat karena dukungan berbagai pihak yang merasa sakit hati dengan sultan Mataram.
Gabungan pasukan Trunojoyo yang berjumlah sekitar 9.000 orang berhasil merebut sebagian besar pantai utara Jawa.
Pada September 1676, Karaeng Galesong mempimpin pasukan untuk merebut Surabaya hingga akhirnya terlibat pertempuran dengan tentara Mataram di Gegodog, sebelah timur Tuban.
Meski jumlah tentara Mataram lebih banyak, para pemberontak berhasil memenangkan pertempuran.
Puncak kemenangan Trunojoyo diraih pada pertengahan 1677.
Dia berhasil berhasil menduduki ibu kota Mataram di Plered hingga memaksa Amangkurat I yang sedang sakit menyingkir ke arah Cirebon untuk meminta bantuan kepada VOC.
Dalam pelariannya, Amangkurat I meninggal dan Pangeran Adipati Anom menjadi panik.
Setelah kemenangan para pemberontak di Plered, Pangeran Adipati Anom dan Pangeran Trunojoyo, yang sebelumnya bersekutu, justru terlibat konflik.
Hal ini membuat Pangeran Trunojoyo tidak menyerahkan kekuasaan kepada Pangeran Adipati Anom, yang naik takhta dengan gelar Amangkurat II, seperti kesepakatan sebelumnya.
Akibatnya, Pangeran Adipati Anom memilih untuk beralih ke pihak ayahnya dan meminta bantuan VOC untuk memadamkan perang Trunojoyo.
Meski syarat yang diberikan VOC atas bantuannya sangat merugikan Mataram, Amangkurat II tetap menyetujuinya.
Pasukan VOC yang didukung oleh tentara Arung Palakka dari Bone pun segera menyerbu Trunojoyo.
Pertempuran berakhir ketika Trunojoyo tertangkap di Kediri pada 1679 dan ditusuk oleh Amangkurat II menggunakan keris hingga tewas.