Termasuk adiknya yang bernama Pangeran Alit dan keluarga mertuanya sendiri.
Selain itu, Amangkurat I juga dibenci karena sangat lunak terhadap Belanda.
Suatu ketika, Amangkurat I terlibat konflik dengan putranya, Raden Mas Rahmat atau Pangeran Adipati Anom.
Adipati Anom merasa cemas karena statusnya sebagai putra mahkota akan dialihkan ke saudaranya.
Pangeran Adipati Anom kemudian menjalin kesepakatan dengan Pangeran Trunojoyo untuk mengkudeta ayahnya.
Pangeran Trunojoyo sebenarnya masih termasuk keturunan Sultan Agung.
Akan tetapi, dia selalu menganggap penguasaan Mataram atas Madura yang terjadi pada masa pemerintahan Sultan Agung adalah sebuah bentuk penjajahan.
Melihat perangai buruk Amangkurat I, niat Trunojoyo untuk memberontak pun semakin besar.
Oleh karena itu, ketika mendengar tawaran Pangeran Adipati Anom, Trunojoyo pun dengan senang menerimanya.
Terlebih lagi, Pangeran Adipati Anom berjanji akan memberikan sebagian besar wilayah Masura apabila ia berhasil merebut takhta Mataram.
Selain Pangeran Adipati Anom, Trunojoyo bekerjasama dengan banyak pihak untuk melawan Amangkurat I.
Termasuk rakyat dan pejabat Mataram, masyarakat Madura, hingga orang-orang Makassar yang dipimpin oleh Karaeng Galesong.