Daerah pesisir ternyata tidak tertarik mendukung Pakubuwana I.
Banyak pemimpin pesisir lebih ingin menjadi bawahan VOC, terutama Cirebon, daripada terbawa dalam perang dan memikul beban kekuasaan Mataram.
Namun VOC sendiri tidak tertarik dengan membawahi pemimpin tersebut.
Akhir 1704, Pakubuwana I berhasil menundukkan Demak.
Agustus 1705, pasukan yang terdiri dari prajurit Jawa dan Madura, didukung orang Eropa dari VOC, Bugis, Makassar, Bali, Melayu, Banda, Ambon dan Mardijkers (orang pribumi berbahasa Portugis) menyerang Kartasura.
Amangkurat III terpaksa melarikan diri ke timur dan mencari suaka pada Untung Surapati dengan membawa pusaka Mataram.
September, Pakubuwana I masuk Kartasura dan menduduki takhta Mataram.
Tahun-tahun berikutnya, persekutuan Mataram, VOC dan Madura menjalakan sejumlah kampanye.
Untung Surapati terbunuh di Bangil tahun 1706.
Pasuruan ditundukkan tahun 1707 dan Amangkurat III menyingkir ke Malang bersama para putra Untung Surapati.
Dalam kampanye terakhir ini, pasukan gabungan Mataram dan sekutunya sempat berjumlah 46 000 prajurit.
Perang ini sangat berat bebannya dari segi manusia dan dana.
Amangkurat III akhirnya setuju untuk berunding dengan VOC tahun 1708, dengan syarat dia diberi sebagian dari Jawa dan tidak tunduk pada Pakubuwana I.
Tapi VOC juga rencana lain.
Mereka menangkap Amangkurat III dan mengasingkannya ke Sri Lanka, di mana dia meninggal tahun 1734.