Dari situlah konflik terjadi.
Pada 28 November 1681 Pangeran Puger menyerah kepada Jacob Couper, perwira VOC yang membantu Amangkurat II.
Pangeran Puger kemudian mengakui kedaulatan Amangkurat II sebagai raja Mataram.
Beberapa tahun kemudian, Amangkurat II meninggal dunia.
Penggantinya adalah putranya, Sunan Mas atau Amangkurat III.
Sayangnya, Amangkurat III tidak disukai rakyatnya yang lebih menghendaki Pangeran Puger sebagai raja Mataram Islam.
Pangeran Puger sendiri mencari bantuan kepada VOC seraya menegaskan bahwa Amangkurat III adalah musuh mereka bersama.
Dia juga menyatakan bahwa kebanyakan orang Jawa lebih mendukungnya sebagai raja.
Cakraningrat II dari Madura mendukung tuntutan Pangeran Puger.
Karena VOC menganggap Cakraningrat II sebagai sekutu yang tepercaya, akhirnya VOC setuju untuk mendukung Pangeran Puger.
Tahun 1704 VOC mengakui Pangeran Puger sebagai raja dengan gelar Pakubuwana I.
Peristiwa ini merupakan awal dari apa yang disebut "Perang Takhta Jawa Pertama".