Ia dimakamkan di Astana Saptorenggo, Imogiri, Yogyakarta dengan upacara kenegaraan.
Kemudian digantikan oleh putranya, Hamengkubuwono X sebagai sultan dan gubernur Yogyakarta selanjutnya.
Hamengkubuwono IX adalah salah satu contoh pemimpin yang berjiwa besar dan berpikiran maju.
Ia mampu meletakkan kepentingan bangsa dan negara di atas segalanya, tanpa mengabaikan identitas dan tradisi daerahnya.
Ia juga mampu beradaptasi dengan perkembangan zaman dan menghadapi berbagai tantangan dengan bijaksana.
Beliau layak dihormati dan diteladani sebagai sultan Yogyakarta yang memilih NKRI.