Ia mendukung proklamasi kemerdekaan Indonesia pada 17 Agustus 1945 dan menolak untuk bekerja sama dengan Belanda yang ingin mengembalikan kekuasaannya.
Pada tahun 1946, Hamengkubuwono IX mengambil keputusan bersejarah yang menentukan nasib Yogyakarta dan Indonesia.
Ia memilih untuk melepaskan status kesultanan Yogyakarta dan bergabung dengan NKRI sebagai bagian dari daerah istimewa.
Kemudian juga menyerahkan tanah-tanah milik keraton kepada pemerintah pusat untuk digunakan sebagai ibu kota negara sementara.
Keputusan ini tidak mudah bagi Hamengkubuwono IX, karena ia harus mengorbankan hak-hak dan kepentingan dinastinya demi kepentingan nasional.
Namun, ia melakukannya dengan penuh kesadaran dan tanggung jawab sebagai seorang pemimpin dan patriot.
Ia percaya bahwa hanya dengan bersatu dalam NKRI, Indonesia dapat mempertahankan kemerdekaannya dari ancaman penjajahan asing.
Hamengkubuwono IX tidak hanya menjadi sultan dan gubernur Yogyakarta, tetapi juga menjadi tokoh nasional yang berperan aktif dalam pemerintahan Indonesia.
Ia pernah menjabat sebagai wakil perdana menteri, menteri pertahanan, menteri koordinator ekonomi, keuangan, dan industri, serta wakil presiden kedua Indonesia bersama Soeharto.
Ia juga menjadi ketua kwartir nasional Gerakan Pramuka dan Komite Olahraga Nasional Indonesia.
Hamengkubuwono IX meninggal dunia pada 2 Oktober 1988 di Washington D.C., Amerika Serikat karena sakit jantung.