Jayakarta memiliki posisi yang menguntungkan karena berada di jalur perdagangan antara Indonesia bagian barat, Malaka, dan India.
Selain itu, Jayakarta juga memiliki sumber daya alam yang melimpah, seperti kayu bakar, beras, gula, dan ternak.
Coen pun berniat untuk merebut Jayakarta dari Banten dan membangun sebuah kota baru di sana.
Pada tahun 1618-1619, Coen berhasil mengalahkan pasukan Banten dan sekutunya yang dipimpin oleh Fatahillah atau Fadillah Khan.
Coen kemudian menghancurkan Jayakarta dan membangun sebuah kota baru di atas puing-puingnya.
Kota baru ini diberi nama Batavia, yang merupakan nama Latin untuk Belanda. Batavia pun menjadi pusat pemerintahan VOC yang baru.
Kedudukan Batavia menjadi penting bagi VOC, baik sebagai pusat pemerintahan dan aktivitas, maupun jalur penghubung perdagangan antara Indonesia bagian barat, Malaka, dan India.
Sejak itu, semua kantor VOC di Asia dan di Tanjung Harapan, berada di bawah otoritas gubernur jenderal dan dewan VOC di Batavia.
Dengan kata lain, markas besar atau "ibu kota" VOC dipindahkan dari Ambon ke Batavia.
Itulah kisah pemindahan pusat pemerintahan VOC dari Ambon ke Batavia. Perpindahan ini menunjukkan ambisi VOC untuk menguasai perdagangan dan politik di Asia.
Namun, VOC juga menimbulkan banyak masalah dan konflik dengan rakyat dan kerajaan-kerajaan di Nusantara.
VOC akhirnya bangkrut pada tahun 1799 dan seluruh asetnya dinasionalisasi oleh pemerintah Belanda.