Gowa pun memberikan izin kepada Portugis, Spanyol, Perancis, dan Inggris untuk berdagang di Makassar sebagai tindakan antisipasi.
Hubungan antara VOC dan Gowa pun menjadi buruk.
Gagal di Makassar, VOC melirik Ambon, yang merupakan salah satu pusat produksi rempah-rempah di Maluku.
Pada tahun 1605, VOC berhasil merebut Ambon dari Portugis dengan bantuan raja-raja setempat.
VOC kemudian membuat perjanjian dengan raja-raja Maluku untuk menjual rempah-rempah secara eksklusif kepada VOC dengan harga yang ditentukan oleh VOC.
Perjanjian ini dikenal sebagai kontrak monopoli atau kontrak ambon. Dengan demikian, VOC menguasai perdagangan rempah-rempah di Maluku dan menjadikan Ambon sebagai pusat pemerintahannya.
Namun, Ambon tidak lama menjadi pusat pemerintahan VOC. Pada tahun 1610, Jan Pieterszoon Coen ditunjuk sebagai gubernur jenderal pertama VOC.
Coen memiliki visi untuk menjadikan VOC sebagai kekuatan politik dan militer di Asia, bukan sekadar kongsi dagang.
Coen menilai bahwa Ambon terlalu jauh dari jalur perdagangan utama dan terlalu dekat dengan wilayah Portugis dan Spanyol.
Coen pun mencari lokasi baru yang lebih strategis dan aman untuk menjadi pusat pemerintahan VOC.
Coen menemukan lokasi yang ideal di Jayakarta, sebuah pelabuhan yang dikuasai oleh Kesultanan Banten di pantai utara Jawa Barat.