Hanya saja, pelaksanaan pembangunan Jembatan Suramadu tak kunjung dilakukan hingga Soeharto lengser.
Pada era Presiden Megawati Soekarnoputri, Keppres Nomor 55 Tahun 1990 dicabut.
Megawati menerbitkan regulasi baru berupa Keppres Nomor 79 Tahun 2003 tentang Pembangunan Jembatan Surabaya-Madura yang ditetapkan di Jakarta pada 27 Oktober 2003.
Ini merupakan tonggak baru dalam sejarah Jembatan Suramadu.
Tujuan pembangunan Jembatan Suramadu dijelaskan dalam Keppres Nomor 79 Tahun 2003.
Disebutkan pada Pasal 1 bahwa Jembatan Suramadu perlu dibangun untuk meningkatkan perekonomian Pulau Madura pada khususnya dan Provinsi Jawa Timur pada umumnya.
Lebih lanjut, Pasal 2 menyebut, pembangunan Jembatan Surabaya-Madura dilaksanakan sebagai bagian dari pembangunan kawasan industri dan perumahan serta sektor lainnya dalam wilayah-wilayah di kedua sisi ujung jembatan tersebut.
Dalam regulasi tersebut, Jembatan Suramadu ditetapkan akan dioperasikan sebagai Jembatan Tol sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Dengan panjang 5,4 Km, jembatan Suramadu menjadi jembatan terpanjang di Indonesia yang terdiri dari tiga bagian, yaitu jalan layang (causeway) jembatan penghubung (approach bridge), dan jembatan utama (main bridge).
Jembatan tersebut dibangun dalam waktu 6 tahun dengan menghabiskan dana Rp 4,5 triliun.
Itulah total anggaran Jembatan Suramadu untuk biaya pembangunannya.
Ketika pembangunan rampung, Jembatan Suramadu diresmikan pemakaiannya oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) pada 10 Juni 2009.