VOC memanfaatkan konflik antara para penguasa Mataram untuk membuat perjanjian-perjanjian yang menguntungkan dirinya dan melemahkan Mataram.
Salah satu perjanjian yang paling berpengaruh adalah Perjanjian Giyanti pada tahun 1755, yang membagi Kerajaan Mataram Islam menjadi dua kekuasaan, yaitu Kasunanan Surakarta di bawah Pakubuwono III (1749-1788) dan Kasultanan Ngayogyakarta di bawah Hamengkubuwono I (1755-1792). Perjanjian ini menandai runtuhnya Kerajaan Mataram Islam sebagai kerajaan tunggal di Jawa.
Kerajaan Mataram Islam meninggalkan banyak peninggalan baik di bidang politik, ekonomi, budaya, maupun agama.
Beberapa peninggalannya antara lain adalah masjid-masjid seperti Masjid Agung Kotagede dan Masjid Gedhe Kauman, makam-makam seperti Imogiri dan Kota Gede, serta istana-istana seperti Keraton Karta dan Keraton Kasunanan.
Selain itu, Kerajaan Mataram Islam juga mempengaruhi perkembangan bahasa Jawa, seni pertunjukan seperti wayang kulit dan gamelan, serta ajaran keagamaan seperti tasawuf dan tarekat.
Masa pembangunan (1630 – 1645) merupakan masa pembangunan di bidang politik, ekonomi, budaya, dan agama.
Sultan Agung memindahkan ibukota dari Kotagede ke Karta (sekarang Klaten) dan membangun istana yang megah.
Sultan Agung juga membangun masjid-masjid seperti Masjid Agung Kotagede dan Masjid Gedhe Kauman, serta makam-makam seperti Imogiri dan Kota Gede.
Sultan Agung juga mengadopsi kalender Jawa dengan unsur Islam dan menetapkan bahasa Jawa sebagai bahasa resmi kerajaan.
Namun, setelah Sultan Agung meninggal, Kerajaan Mataram Islam mulai mengalami kemunduran dan krisis internal. Penerusnya, Amangkurat I (1646-1677), menghadapi pemberontakan dari Raden Mas Alit (Trunojoyo) dan Raden Kajoran (Pangeran Puger), yang didukung oleh VOC.
Amangkurat I akhirnya meninggal dalam pelarian dan digantikan oleh putranya, Amangkurat II (1677-1703), yang juga harus berhadapan dengan pemberontakan dari Sunan Kuning (Pangeran Mangkubumi).