Pemberontakan terhadap Pakubowono I dipimpin oleh Raden Mas Said, putra dari Pangeran Mangkubumi yang merupakan adik Pakubowono I.
Raden Mas Said merasa tidak diakui sebagai ahli waris kerajaan oleh pamannya.
Ia juga tidak senang dengan kebijakan Pakubowono I yang tunduk kepada VOC.
Raden Mas Said mendapat dukungan dari rakyat Mataram yang menderita akibat pajak dan penindasan VOC.
Ia juga mendapat bantuan dari para ulama dan kyai yang menentang pengaruh Barat terhadap agama Islam.
Raden Mas Said memimpin pasukan pemberontak yang disebut Prajurit Mataram.
Pemberontakan Raden Mas Said berlangsung selama 20 tahun, dari 1726 hingga 1746.
Selama itu, ia berperang melawan pasukan VOC dan Mataram yang setia kepada Pakubowono I.
Ia juga berpindah-pindah tempat untuk menghindari pengejaran musuh.
Dia juga pernah bermarkas di Salatiga, Klaten, Sukoharjo, dan Madiun.
Pada 1742, Pakubowono I meninggal dunia dan digantikan oleh putranya yang bernama Pakubowono II.
Namun, pemberontakan Raden Mas Said tidak berhenti.
Bahkan berhasil menyerbu Kartasura, ibu kota Mataram pada 1743.
Peristiwa ini dikenal dengan nama Geger Pecinan karena banyak orang Tionghoa yang menjadi korban.