Ketika masih menentang Belanda, pasukan Mataram pernah menyerang benteng kompeni di Kartasura pada 1741.
Tercatat 10 prajurit kompeni tewas di dalam dan sekitar benteng.
Peristiwa itu menandai konflik terbuka antara Kesultanan Mataram dan VOC.
Pakubuwana II juga memerintahkan patihnya mengirim pasukan untuk membantu laskar Tionghoa mengepung VOC di Semarang.
Pemberontakan Tinghoa-Jawa atau Geger Pecinan merupakan respon masyarakat keturunan Tionghoa atas pembentaian VOC terhadap sekitar 10 ribuan orang Tionghoa di Batavia.
Kabarnya, rangkaian peperangan Geger Pecinan disebut lebih besar dibanding Perang Diponegoro dua dekade setelahnya.
Pemimpin pemberontakan dari pabrik gula di Gandaria, Batavia, adalah Souw Phan Ciang atau Khe Panjang, yang kemudian dikenal sebagai Kapitan Sepanjang.
Dia lari sampai Semarang dan bergabung dengan laskar Tionghoa pimpinan Singseh (Tan Sin Ko).
Kapitan Sepanjang dan Singseh berperang melawan VOC, mendapat bantuan pasukan dari Pakubuwana II, namun kemenangan sulit diraih, bahkan VOC mengklaim sebagai pihak yang menang.
Kemudian Pakubuwana II berubah sikap 180 derajat dari yang semula melawan kompeni menjadi memihaknya. Dukungan Mataram ke pemberontak Tionghoa dicabut pada awal 1742.
Seperti disebut di awal, perubahan sikap itu dilatar belakangi Pakubuwana II yang khawatir dilengserkan dari takhta Mataram bila terus melawan VOC.
Dalam hal ini, VOC dikenal handal menyulut intrik politik.