Sultan Agung memiliki visi untuk menyatukan seluruh Pulau Jawa di bawah kekuasaan Mataram Islam.
Untuk itu, ia melakukan berbagai perang dan penaklukan terhadap kerajaan-kerajaan lain di Jawa, seperti Surabaya, Madura, Cirebon, Banten, hingga Batavia.
Ia juga melakukan reformasi administrasi, militer, ekonomi, sosial, budaya, dan agama di Mataram Islam.
Salah satu reformasi yang dilakukan Sultan Agung adalah mengubah sistem penanggalan Jawa dari sistem Saka ke sistem Anno Javanico (AJ).
Sistem penanggalan ini dimulai pada tahun 1633 Masehi atau tahun 1555 Saka atau tahun 1044 Hijriyah.
Tahun ini dipilih karena bertepatan dengan kemenangan Mataram Islam atas Surabaya.
Sultan Agung juga membangun banyak bangunan bersejarah dan monumental di Mataram Islam, seperti Masjid Agung Kotagede, Makam Imogiri, Keraton Karta, dan Benteng Plered.
Ia juga mengembangkan seni dan budaya Jawa, seperti wayang kulit, gamelan, tari-tarian, sastra, dan bahasa.
Sultan Agung meninggal pada 1645 dan digantikan oleh putranya yang bernama Amangkurat I.
Sayangnya, masa pemerintahan Amangkurat I ditandai dengan banyak pemberontakan dan konflik internal.
Salah satu pemberontakan terbesar adalah Trunojoyo yang berhasil merebut ibu kota Mataram Islam di Plered pada 1677.
Amangkurat I melarikan diri ke Tegal dan kemudian meninggal di sana. Ia digantikan oleh putranya yang bernama Amangkurat II.
Amangkurat II meminta bantuan VOC untuk menghadapi pemberontakan Trunojoyo.
VOC bersedia membantu dengan syarat mendapat hak monopoli dagang dan wilayah-wilayah strategis di pantai utara Jawa.
Dengan bantuan VOC, Amangkurat II berhasil mengalahkan Trunojoyo pada 1679.
Namun, hubungan antara Mataram Islam dan VOC menjadi tegang karena VOC menuntut pembayaran utang perang dan wilayah-wilayah yang dijanjikan.
Hal ini menyebabkan perang antara Mataram Islam dan VOC berkepanjangan hingga abad ke-18.
Perang ini melemahkan Mataram Islam secara politik dan ekonomi.
Akhirnya, pada 1755, Mataram Islam dibagi menjadi dua kerajaan berdasarkan Perjanjian Giyanti yang disepakati bersama VOC.