Menjadi Sultan Pajang
Setelah Sultan Adiwijaya wafat pada tahun 1583 Masehi, tahta Kesultanan Pajang seharusnya diwarisi oleh Pangeran Benowo sebagai putra sulungnya.
Namun, karena Pangeran Benowo tidak ingin menjadi raja, ia menyerahkan haknya kepada saudara iparnya, Arya Pangiri, suami dari Ratu Pembayun.
Arya Pangiri kemudian menjadi Sultan Pajang kedua dengan gelar Prabu Hanyakrawati.
Namun, pemerintahan Arya Pangiri tidak berlangsung lama. Ia wafat pada tahun 1586 Masehi karena sakit. Kali ini, Pangeran Benowo tidak bisa menolak untuk menjadi Sultan Pajang ketiga menggantikan Arya Pangiri. Ia naik tahta dengan gelar Prabu Wijaya atau Prabuwijaya.
Merelakan Pajang ke Mataram
Pada saat yang sama, Sutawijaya yang merupakan anak angkat dari Sultan Adiwijaya dan saudara angkat dari Pangeran Benowo sedang membangun kekuasaannya di Mataram.
Sutawijaya berhasil menaklukkan beberapa daerah di sekitarnya dan mendirikan Kesultanan Mataram Islam dengan gelar Panembahan Senapati.
Pangeran Benowo yang tidak ingin berseteru dengan saudaranya itu memutuskan untuk merelakan Kesultanan Pajang menjadi kadipaten bagian dari Kesultanan Mataram.
Ia menyerahkan kekuasaannya kepada Sutawijaya pada tahun 1587 Masehi dan meninggalkan istana untuk menyebarkan ajaran Islam.
Setelah melepaskan jabatannya sebagai Sultan Pajang, Pangeran Benowo melakukan perjalanan ke berbagai daerah untuk berdakwah. Ia juga ingin mendekati leluhurnya yang diyakini berasal dari Majapahit.