Pasukan Klungkung juga tidak mau menyerah meskipun dalam keadaan terdesak dan terkepung.
Akhirnya, pada tahun 1629 M, perang berakhir dengan kekalahan Mataram.
Tumenggung Wiraguna tewas dalam pertempuran dan pasukan Mataram mundur dengan terpaksa.
Sultan Agung sangat kecewa dengan hasil perang ini dan merasa malu karena gagal mengislamkan Bali.
Perang Buleleng
Sultan Agung tidak menyerah dengan kegagalannya di Klungkung. Beliau masih berambisi untuk menaklukkan Bali.
Pada tahun 1633 M, beliau kembali mengirim pasukan ke Bali dengan jumlah yang lebih besar, sekitar 20.000 orang. Pasukan ini dipimpin oleh Tumenggung Suradipati.
Pasukan Mataram kali ini mendarat di daerah Buleleng, salah satu kerajaan Hindu di Bali bagian utara.
Kerajaan Buleleng saat itu dipimpin oleh Raja Ki Gusti Ngurah Panji Sakti. Raja ini merupakan saudara dari Raja Dewa Agung Jambe I dari Klungkung.
Raja Ki Gusti Ngurah Panji Sakti tidak mau tunduk kepada Sultan Agung dan bersiap untuk melawan pasukan Mataram.
Perang antara Mataram dan Buleleng pun terjadi. Perang ini juga dikenal dengan nama Perang Puputan Buleleng karena kedua belah pihak bertempur habis-habisan tanpa ada kompromi atau negosiasi.
Perang ini berlangsung selama beberapa bulan dengan korban jiwa yang banyak dari kedua belah pihak.
Pasukan Mataram mengalami kesulitan untuk menembus pertahanan Buleleng yang kuat dan gigih.
Pasukan Buleleng juga tidak mau menyerah meskipun dalam keadaan terdesak dan terkepung.
Akhirnya, pada tahun 1634 M, perang berakhir dengan kekalahan Mataram. Tumenggung Suradipati tewas dalam pertempuran dan pasukan Mataram mundur dengan terpaksa.
Sultan Agung kembali kecewa dengan hasil perang ini dan merasa malu karena gagal mengislamkan Bali.