Bali juga merupakan pusat perdagangan antara Jawa dan Nusantara timur. Selain itu, Bali juga memiliki nilai strategis karena berada di jalur pelayaran internasional.
Namun, alasan utama Sultan Agung ingin menaklukkan Bali adalah karena beliau ingin menyebarkan agama Islam ke pulau tersebut.
Bali merupakan salah satu wilayah yang masih mempertahankan agama Hindu di tengah-tengah perkembangan Islam di Nusantara.
Sultan Agung merasa berkewajiban untuk mengislamkan Bali sebagai bagian dari dakwahnya.
Perang Klungkung
Untuk mewujudkan ambisinya, Sultan Agung mempersiapkan ekspedisi militer ke Bali pada tahun 1628 M.
Beliau menyiapkan pasukan sebanyak 10.000 orang yang dipimpin oleh Tumenggung Wiraguna. Pasukan Mataram mendarat di daerah Klungkung, salah satu kerajaan Hindu di Bali.
Kerajaan Klungkung saat itu dipimpin oleh Raja Dewa Agung Jambe I. Raja ini merupakan keturunan dari Raja Gelgel, kerajaan Hindu terbesar dan tertua di Bali.
Raja Dewa Agung Jambe I tidak mau tunduk kepada Sultan Agung dan bersiap untuk melawan pasukan Mataram.
Perang antara Mataram dan Klungkung pun terjadi. Perang ini dikenal dengan nama Perang Puputan Klungkung karena kedua belah pihak bertempur habis-habisan tanpa ada kompromi atau negosiasi.
Perang ini berlangsung selama beberapa bulan dengan banyak korban jiwa dari kedua belah pihak.
Pasukan Mataram mengalami kesulitan untuk menembus pertahanan Klungkung yang kuat dan gigih.