Kemudian pada November 2002, giliran Imam Samudra yang ditangkap di kapal Pelabuhan Merak dengan tuduhan sebagai salah satu pelaku Bom Bali.
Sementara Hambali baru berhasil ditangkap pada 14 Februari 2003 di Thailand dalam operasi gabungan CIA-Thailand.
Pria bernama asli Encep Nurjaman ini kemudian diketahui menjadi sasaran penyiksaan oleh CIA di beberapa tempat sebelum akhirnya dipindahkan ke Teluk Guantanamo pada 2006.
Sejak saat itu alias selama belasan tahun, Hambali harus mendekam di lokasi kontroversial tersebut tanpa pernah menjalani persidangan.
Dia ditahan tanpa pernah benar-benar secara sah secara hukum dinyatakan bersalah dalam kasus apa pun.
Hal inilah yang kemudian membuat pengacara Hambali jengah dengan cara pemerintah AS memperlakukan Hambali.
Waktu 20 tahun yang dihabiskan Hambali di dalam pengawasan CIA tanpa pernah menjalani persidangan dianggap sebagai sikap menggantungkan hidup Hambali.
Bahkan ketika akhirnya pemerintah AS menyatakan akan segera membawa Hambali ke persidangan, banyak masalah non-teknis yang menghambat.
Salah satunya adalah pemilihan penerjemah untuk Hambali yang dinilai oleh pengacara justru terlihat bias dan tidak benar-benar memahami perkataan Hambali.
Masalah lain yang kemudian mencuat saat rencana persidangan Hambali mulai ditetapkan adalah topik persidangan yang ternyata belum juga ditentukan.
Jaksa terus saja meminta penambahan waktu padahal Hambali sendiri sudah berada dalam "genggaman" AS selama hampir 20 tahun.
Lalu, apa yang membuat Hambali menjadi salah satu terduga teroris yang diperlakukan 'khusus' oleh pemerintah AS?
Salah satu hal yang membuat Hambali menjadi perhatian khusus dari pihak intelijen AS adalah karena dirinya dipercaya sebagai penghubung antara Jemaah Islamiyah dengan Al Qaeda.
Bahkan, dalam beberapa kasus serangan bom, termasuk dalam tragedi Bom Bali, Hambali dipercaya sebagai sosok yang merencanakan dan menggerakkannya.