Pada akhirnya, Goemon ditangkap oleh pihak berwenang sebelum akhirnya dieksekusi.
Ada dua versi yang menceritakan hal ini.
Pertama beberapa pengikut Goemon ditangkap dan mengungkapkan nama Goemon di bawah penyiksaan.
Kemudian versi kedua, Goemon membobol kediaman Toyotomi Hideyosi, orang terkuat di Jepang saat itu.
Beberapa orang berkata bahwa Goemon hanya ingin mencuri harta Hideyoshi dan beberapa lainya mengatakan bahwa ia ingin membunuhnya.
Menurut legenda, Hideyoshi memiliki pembakar dupa ajaib yang akan membunyikan tanda peringatan ketika penyusup masuk ke kamarnya.
Karena alarm itulah penjaga Hideyoshi menangkap Geomon.
Akhirnya, Hideyoshi menghukum mati Geomon dan seluruh keluarganya.
Mereka dieksekusi secara terbuka di depan gerbang Kuil Najenzi di Kyoto.
Goemon ditempatkan pada kuali dengan minyak yang mendidih bersama putranya yang masih kecil, yang ia angkat setinggi-tingginya.