Pada bulan berikutnya militer membantai orang-orang komunis dan orang-orang yang diduga komunis di seluruh Jawa dan Bali, dengan perkiraan jumlah orang yang terbunuh berkisar antara 80.000 hingga lebih dari 1.000.000.
Pada tahun-tahun berikutnya komunis, orang yang dituduh komunis, dan keluarga mereka sering ditolak hak-hak dasarnya (misalnya, hak atas pengadilan yang adil, hak atas kesempatan yang samadalam pekerjaan, dan kebebasan dari diskriminasi).
Antara tahun 1969 dan 1980, kira-kira 10.000 orang, terutama yang dikenal atau mengaku komunis, ditahan tanpa pengadilan di Pulau Buru di Maluku.
Dengan hancurnya PKI, salah satu elemen keseimbangan yang telah mendukung rezim Sukarno dihilangkan, dan presiden sendiri mendapat tekanan yang meningkat.
Pada bulan Maret 1966, dengan latar belakang aksi mahasiswa, tentara memaksa Sukarno untuk mendelegasikan kekuasaan yang luas kepada Suharto, yang sekarang menjabat sebagai Kepala Staf Angkatan Darat.
Dengan kekuasaan barunya, Suharto melarang PKI dan bergerak secara bertahap untuk mengkonsolidasikan posisinya sebagai kepala pemerintahan yang efektif.
Baca Juga: Inilah Dampak Tritura, Pengaruh Soekarno Makin Lemah hingga Berakhirnya Orde Lama
Kekuasaan baru ini didapatkan Suharto dari Supersemar.
Pada bulan Maret 1967 MPR mengangkat Suharto sebagai penjabat presiden, dan pada bulan Maret 1968 ia diangkat menjadi presiden atas haknya sendiri.
Sukarno ditahan di bawah tahanan rumah sampai kematiannya pada 21 Juni 1970.
Artinya, secara hukum, posisi dan kedudukan Supersemar semakin kuat setelah ditetapkan oleh MPR.